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SMART-RACE 技术获得Pm-cycin Y的eDNA方法

时间:2024-10-12 02:29:09

1、首先,通过逆转录以提取的斑节对虾总RNA为模板,参考SMARTMRACE试剂盒中的逆转录方法合成cDNA第条链。

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2、然后,将得到的cDNA模板经B-actin通用引物检测,1.2%琼脂糖凝胶电泳检测显示条带清亮且无杂带,然后进行分装,80C保存,备用。1.3.2Pm-cyelinY的分子克隆通过对斑节对虾转录组数据筛选获得cyclinY的基因片段。

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3、然后,用Primer5.0软件设计特异性引物F(5'-TGGGCAACAAACAC-3)和R(S'-GCTATTCTGTCATGATCTTG-3)。以cDNA为模板,对该序列进行验证,经Blast比对,获得开放阅读框序列ORF。

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4、然后,采用cDNA末端快速扩增技术(RapidAmplificationofc锓旆痖颧DNAEnds,RACE)扩增Pm-cyclinY的cDNA的5'和3末端。利用半巢式(semi-nested)PCR方法,首先由GSP1(3'GSP1:5'-ATCAATGTGCCGTCCTCTGTGTATG-3'和5'GSPI:5'-TCAGGACCCCAGTCTTCACCCAACA-3)和Adaptorprimer(接头引物UPM)进行降落PCR反应。

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5、然后,将所得PCR产物稀释100倍,取1μL作为模板,利用引物GSP2(3&#补朱锚卦39;GSP2:5'稆糨孝汶;-GCAGAACAGTTATGCCGTAATGGTC-3‘和5'GSP2:5'-TGTGTTTATCCTGGGGGAAGGTCGG-3)和NUP再进行PCR扩增。PCR反应体系为:10xBuffer反应缓冲液2.5μL,10mmol/LdNTP0.5μL,UPM2.5μ,1000UExTaq酶0.5μL,1μLcDNA模板。

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6、最后,用双蒸水将反应体系补充至25.0μL,反应条件为:94C变性4min;94'C,30s.68C,30s,72C,2min,30个循环;72C延伸10min。

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