1、遗传原因 当胎儿的父母双方或者一方有遗传性疾病、隔代遗传性疾病、代谢类疾病等等疾病时，胎儿发生畸形的概率就会非常大。这一点需要进行详尽的婚前体检和孕前检查以及治疗。
2、环境原因 有的孕妇或者男方，工作或者居住的地方有着很强的辐射、重金属污染、农药污染等环境原因，此外劣质化妆品中的有毒物质，也会导致胎儿发生畸形。
3、噪音、空气污染 很多人注意到水污染、装修污染以及食物的无公害，但是没有注意到高浓度的汽车尾气以及强烈的噪音污染，这两种污染也会导致胎儿畸形。
4、父母患病 如果孕妇在妊娠的前三个月就患有一些疾病，会导致胎儿感染细菌、病毒等病原体，例如孕妇有甲状腺功能低下或者甲状腺功能亢奋、糖鄢鹎舂钻尿病等。还有就是父母一方或者双方患有一些重大疾病也会有一定的几率通过遗传导致胎儿畸形，例如唐氏综合征、小儿麻痹症、侏儒症等等。
5、禁用药物 孕妇在妊娠的前三个月生病没有按照医生的指导，自己滥用药物是会导致胎儿畸形的。部分药物会导致胎儿的骨骼、神经中枢、内脏等发生病变和畸形。
6、营养不良 有的孕妇害怕怀孕会发胖，就节食进而导致自己和胎儿营养不良，或者因为其他的原因而导致营养不良。孕妇的营养不良会导致胎儿的新陈代谢紊乱，进而导致胎儿发育畸形。
7、情绪波动 有的孕妇因为忧郁症或者其他的原因导致自己的情绪紧张或者情绪起伏剧烈，进而导致自己的肾上腺素急剧释放，而这些激素又会通过胎盘传导给胎儿，这样往往会导致胎儿发生唇裂和腭裂等畸形。
8、烟酒因素 孕妇主动或者被动的吸烟喝酒都会引发胎儿发育畸形，酒精会导致胎儿发生多种畸形、智力发育低下、身体发育迟缓等疾病。
9、高龄父母 如果胎儿的父母一方或者双方的年龄过大，会因为生殖细胞的质量不好而导致染色体发生不利的突变，进而导致胎儿畸形。
10、其他原因 除了上述原因之外，还有近超过一般的胎儿畸形是不明原因造成的。这些不明原因只能寄希望于医疗技术的发展，才能一一发现并解决。
