1、 组织风险 流程优化需要取消一些非增值流程和无效流程，增加一些有效流程，为了配合流程的推进可能会对企业的组织结构做出调整，一旦涉及到某个部门权力的削弱，必然会遇到执行阻力，如果优化小组没能充分预见组织对于变革的阻力，不能正确处理员工对新的组织流程设置的抵触，严重的将导致流程推进举步维艰。
2、 人力资源风险 人力资源方面的风险是指由于业务流程优化方案与企业的人力资源规划衔接不当而导致人力资源发生损失、低效甚至阻碍流程优化。企业领导者可能对流程优化后的效果产生疑惑导致推行不坚决，中层管理者可能因为能力限制或权限的削弱而产生抵触，基层的员工尚未成为感触客户需求的神经末梢可能对流程优化漠不关心，这些人力的因素将形成流程无法推进的主要风险。
3、 生产风险 企业业务流程优化的生产风险除了具有传统生产风险的特征，如质量、生产成本、库存、事故等风险外，还主要表现为由于各生产环节之间协调性不够、信息流不同步等原因导致的生产过程控制性减弱从而影响到整个产品生产的风险。
4、 市场风险 优化的流程可能会要求企业的销售政策和采购政策发生变动。销售政策的变动将产生两个方面的风险，一是消费者的需求可能会随之发生变动，引起市场份额的变化；二是竞争者会抓住机会加大竞争压力。采购政策的变动可能会引起上游供应商改变合作策略，影响企业物流。
5、 财务风险 企业流程优化中，财务功能的优化在于建立健全的财务信息系统，即财务信息处理系统、财务信息分析系统和财务信息预警系统，但是，如果没有配备相应的人员或人员能力不能达到要求，错误操作提供的信息将比无信息情况下造成更大的风险。