1、打开网上纳税申报软件。要修改申报，先进行撤销申请操作。撤销申报：点击“撤销申请”按钮，网上申报系统自动弹出撤销告知界面，纳税人阅读完毕后确认要提交撤销申请时，请点击“提交”按钮。
2、点击“提交”按钮后，，纳税人选择一证通证书或CFCA证书或录入交易密码，点击“确定”按钮。
3、查询撤销申报的受理结果：网上申报系统自动将该税种的报表状态改为“撤销申报受理中”，此时纳税人须点击“受理结果”按钮查询撤销申报结果，如成功，则会提示“ 撤销申报成功，可修改报表后重新上传”；如果失败，则会显示相关错误提示。
4、撤销申报成功后，可进行相关报表的修改，修改完成后再次选择上传申报表，并点击“受理结果”按钮查询结果。
5、注意：1.撤销申报成功后，相当于原申报已经作废，纳税人务必在征期内修改申报表并重新上传申报表，当接收到申报成功的结果时，证明该税种当前征期申报已完成，如晚于征期后申报的，有可能会产生滞纳金，撤销后不申报的，则金三核心征管系统会视为未申报，要进行催报催缴乃至相应处罚。
6、撤销企业所得税时，需要连同撤销对应类型的财务报表，撤销企业所得税年报时须包括关联申报表。因此，撤销企业所得税预缴申报表后，财务报表也会被同时撤销。
7、如果出现“纳税人所选择的税种不允许撤销”的情况，有可能是以下情况：（1）该税种在网厅已经扣款或已经开具了“缴税凭证”，不允许被撤销;（2）当前时间不在征期内，征期外是不允许进行撤销的。