1、中央教育行政机构的建立: 清政府在1901年酝酿制订新学制时，就任命张百熙为管学大臣负责运作，瞽攥涛徭但无机构。学制颁布时，又根据张之洞等人的建议，更名为总理学务大臣“以统全国学务”，下设专门、普通、实业、审订、游学、会计六处，只能算是临时设立的简单机构。1905年底，清政府效仿日本文部之成规，正式建立学部，作为中央教育行政机构。设总务、专门、普通、实业、会计五司，司下设科，五司共计设十二科，另设司务厅负责内勤。学部的正式官员编制为40人。学部的直属单位还有编译图书局、京师督学局、学制调查局、教育研究所、高等教育会议所。原国子监归并学部，教官一并裁撤，监生另行安排，只保留监丞一员负责孔庙管理及祭祀的有关职能
2、地方教育行政机构的建立: 学制颁布时，张之洞等人建议设立学务大臣的同时也建议各省建立学务处，但只有直隶和湖北响应。科举废除后，原各省学政的主要职能不复存在。1906年 4月，清政府根据学部奏请，决定各省裁撤学政，改设提学使司，统辖全省学务。提学使司的办公机构称学务公所，置议长一人、议绅四人，协助提学使参赞学务，并接受督抚咨询。学务公所下设总务、专门、普通、实业、图书、会计六课，各课设正副课长各一人，课员一至三人。整个提学使司的编制不过二三十人。
3、教育宗旨的制订: 前文已述，癸卯学制的总体指导思想实际上已具有教育宗旨的意味，但表述略嫌冗长。1906年 3月，根据学部的建议，清帝下谕，正式确定以“忠君，尊孔，尚公，尚武，尚实”为教育宗旨。宗旨的前两项强调维护君主专制制度和儒家礼教，体现封建教育的根本性质。后三项分别与德育、体育和智育对应，但出发点都是国家本位的。“尚公”强调国家利益和公民道德，“尚武”的目的是强兵，“尚实”的目的是使国家富强。至于对个人品质健全发展及个人生活改善的需求，这个教育宗旨根本就没有顾及到，这也是中国传统封建教育的基本特点所在。
