1、性质不同
协同效应为一种化学现象，又称增效作用，指两种或两种以上的组分相加或调配在一起，所产生的作用大于各种组分单独应用时作用的总和。
别构效应又称为变构效应，是寡聚蛋白与配基结合改变蛋白质的构象，导致蛋白质生物活性改变的现象。
2、应用不同
协同效应常用于指导化工产品各组分组合，以求得最终产品性能增强。
别构效应在生命活动调节中起很重要作用。如阻遏蛋白受小分子物质的影响发生构象变化，改变了它与DNA结合的牢固程度，从而对遗传信息的表达进行调控。另如激素受体，神经递质受体等都是通过生物分子的影响发生构象变化而传递信息的。可以说别构效应是生物分子“通讯”地基。
3、产生原因不同
普遍认为催化协同效应的产生是源自混杂多于一种活性金属；或是给质子位置的产生；或者是纳米颗粒上表面形貌的改变造成的电子结构的改变。
别构效应可分为同促效应和异促效应两类。相同配体（相同的结合部位）引起的反应称为同促效应，例如寡聚体酶或蛋白质（如血红蛋白）各亚基之间的协同作用即是同促效应。同促效应是同一种物质作用于不同亚基的相同部位而发生影响，因此是别构效应。
不同配体（不同的结合部位）引起的反应称为异促效应，例如别构酶的别构结合部位和底物结合部位之间的反应即是异促效应。
联系：协同效应和别构效应都引起组分的改变。
参考资料来源：百度百科-别构效应
参考资料来源：百度百科-协同效应