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CRISPR-Case9载体构建步骤

时间:2024-10-12 05:51:08

1、 Adapter 制备按下述10 μl体系制备adapter:引物F(终浓度1.0 μM) 10 μM的引物1 μl引物R(终浓度1.0 μM) 10 μM的引物1 μl0.5×TE或ddH2O 8 μl90℃孵育10 s,然后置于室温。

2、 sgRNA表达盒制备每个sgRNA表达盒按以下体系进行反应:1 μl 10×Cutsmart Buffer10-20 ng pYLsgRNA (取20ng)ATP(终浓度0.5-1.0 mM)(取1.0 mM)0.3-0.5 μl adapter(终浓度0.03-0.05 μM)3 U BsaI-HF20 U T4 DNA 连接酶(用1×T4 DNA ligase buffer稀释)ddH2O加至终体积10 μlPCR反应,37℃ 5 min ,20℃ 5min,5个循环。注意:不要用热盖,同时避免酶过量、反应时间过长。

3、 P觊皱筠桡CR第一轮PCR:将上一步得到的sgRNA表达盒稀释10倍,按Phanta 25 μl体系进行反应(此轮反应中,每个目的编辑基因窄忾行崦包含两个独立反应):2×Phanta Buffer 12.5 μl10×dNTP 0.5 μl引物 1 μl +1 μl(UF/RP,FP/gR-R,FP和RP分别为adapter正反向引物)sgRNA-adapter 1.5 μlPhanta 0.5 μlddH2O 7.5 μl反应程序:预热 95℃ 5 min变性 95℃ 15 s退火 60℃ 15 s延伸 72℃ 20 s最终延伸 72℃ 10 min28个循环第二轮PCR(将第一轮PCR产物稀释10倍,将目的编辑基因对应产物等量混合):预热 95℃ 5 min变性 95℃ 15 s退火 58℃ 15 s延伸 72℃ 40 s最终延伸 72℃ 10 min30个循环切胶回收扩增sgRNA盒对应长度:LacZ-OsU6a-sgRNA=832 bp; OsU6a-sgRNA=629 bp; OsU6b-sgRNA=515 bp; LacZ-OsU3m-sgRNA=767 bp; OsU3msgRNA=564 bp

4、 Ca衡痕贤伎s9载体构建设置如下反应:1.5 µl 10×CutSmart bufferATP (终浓度1.0 mM, 或加1µl 10 x NEB T4 DNA ligase buffer)60-100 ng pYLCRISPR/Cas910-100 ng sgRNA cassettes10 U BsaI-HF40 U T4 DNA ligaseddH2O至15 µsgRNA盒对应量:1 10 ng2 20-30 ng3 40-50 ng4 60-70 ng载体和插入片段摩尔比:1:4-6。PCR反应:37℃ 10 min10℃ 5 min20℃ 5 min以上3个循环37℃ 3 min10℃ 5 min20℃ 5 min以上10个循环。

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