1、 部门合并效果较差，主要原因是未能实现结构上的整合，一些部门不仅下属机构按兵不动，而且基本上仍然是原班人马。这使合并后的部门仍然“汤是汤，水是水”，过去的部门界限并未打破，并深刻烙印在每个职员的心里。考虑到部门合并效果较差的主要原因是未能实现结构上的整合，因此，部门下设的机构需要适度调整，使合并后的部门“你中有我，我中有你”。在推动部委层面机构改革的同时，要更加注重下设机构的重组和改组，使部门真正完成结构性整合。
2、其次，部门下设的机构在领导任免和人事安排方面未熹栳缂靖能做到交叉任职，从而没有实现部门内部的文化融合。最后，也是最重要的，部门领导人选的安排方面，未能选取可以平衡旧部门的外部领导，从而未能避免某个族己苏恐旧部门的领导偏倚而导致部门间嫌隙。部门下设的机构在领导任免和人事安排方面需要尽可能交叉任职，推动部门内部的文化融合。如果在司局领导安排和人事调配方面仍然各自为政，那么就很容易产生部门内部的界限，使机构合并后的部门整合力度不够。在机构改革方案的设计过程中，应特别强调人事安排的交叉任职。除了专业性较强的部门和岗位以外，综合管理类部门和岗位都可以考虑交叉任职，使部门的工作人员“浑然一体”。
3、部门领导人选方面，应尽量选取可以平衡旧部门的外部领导，避免某个旧部门的领导偏倚而导致部门之间发生嫌隙。在上行下效的政府部门中，部门领导能否“一碗水端平”，特别是发挥粘合剂和催化剂的作用，关乎部门整合的成败。因此，要特别注重选取能够推动部门整合的领导，比如可以采取“过渡型”领导安排，在部门完成合并后再启用常规性领导。
