1、水产微生物制剂净化水质 大家都知道用打捞的方法，虽然可以清除部分的污染物但是对于亚硝酸盐，氨氮等化学污染物以及禽畜粪便等污染物的处理却难以脘裘谩矿奏效，使用化学药物的方法只会造成二次污染，如果使用微生物制剂则会对水产养殖环境没有危害，同时还能够促进水产养殖环境生物链的形成。 水产微生物制剂可以迅速降解水产养殖水体中的残存饲料、水产动物的粪便以及其他的有机物，同时还能够吸收分解利用水产养殖水体当中的氨、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，能够有效的避免固体有机物和有害有机物的积累，同时还可以抑制病原微生物的繁殖，减少水产养殖病害的发生。
2、水产微生物制剂的肥水作用 利用水产微生物制剂发酵一些小杂鱼、豆饼、糟渣、动物粪便作为水产养殖的水肥材料，可以减少原有发酵原料中的毒素、病菌等等。经过充分发酵之后再投放可以减少肥水原料在水中的耗氧量，从而更有效的促进水体浮游动植物的生长，达到培育大量单细胞藻类及其他浮游生物的目的，并且能够使得水体肥绿嫩爽可以给以浮游生物为食物的鱼虾贝类提供丰富优质的饵料来源。
3、水产微生物制剂提高饲料的养分 如果将一定比例的水产微生物制剂和水产饲料均匀混合放入到密封的环境当中,经过有益微生物菌群的厌氧发酵，可以改变原有饲料的品质结构，提高营养含量，使其带有发酵的醇香味能够提高饲料的适口性，在饲料当中加入水产微生物制剂，鱼类摄食之后进入肠道当中可以在鱼类肠道形成优势的菌群，恢复和加强肠道微生物系统，各类有益微生物在良好的条件下经过一系列的生理化学反应能够产生有生理活性的物质，从而促进消化道分解酶的活性，促进了对饲料的消化吸收和水产动物的生长速度和生长质量。
4、改善机体微生物系统，提高免疫力和抗病力 水产微生物制剂能够调节水产动物机体微生物平衡、促进水产动物的新陈代谢、改善红细胞组成和生物膜的流动性、提高水产动物的越冬能力、改善水产动物血液指标、耗氧量下降、使得鱼类具有较高的抗逆性；水产生物制剂还能够调整水产动物肠道内菌群的微生物平衡、刺激鱼类细胞系统从而形成高效价的特异性抗体、增加鱼类的免疫力、减少水产养殖的死亡率。
5、降低成本，提高品质 如果水产养殖使用大量的化学药品会造成病原体产生抗药性和污染水域环境，还会杀死水中有益的微生物，造成水体微生态失调。化学药物用于水产动物疾病用药防治只是暂时性的手段，生态防治才是解决问题的根本出路，使用水产微生物制剂可以少用或者是不用化学药品，这样既可以防治水产养殖当中的病害，降低了生产成本又可以生产出健康绿色的水产产品。
