一、建立时间不同
1、澳洲国立大学：始建于1946年。
2、墨尔本大学：始建于1853年。
二、地址不同
1、澳洲国立大学：澳大利亚首都特区，堪培拉市，阿克顿区。
2、墨尔本大学：坐落于墨尔本市。
三、院系专业不同
1、澳洲国立大学：澳大利亚国立大学共下辖七大学院，分别是人文与社会科学学院；工程与计算机科学学院；商务与经济学院；亚洲与太平洋学院；健康与医学学院；科学学院；法学院。
2、墨尔本大学：共设有12个学院（Faculty，其中1个已经解散），分别是： 设计学院；文学院；人文社科学院；政府学院；商业与经济学院；教育学院；工程学院；信息学院；法学院；医学、牙医与健康科学学院等等。
参考资料来源：百度百科-墨尔本大学
参考资料来源：百度百科-澳洲国立大学