1、碧玺属复三方单锥晶类。晶体常呈柱状，常见晶形有三方柱、六方柱、三方单锥等，柱面上纵纹发育，横断面呈球面三角形。集合体呈放射状、束状、棒状，亦呈致密块状或隐晶质块体。碧玺颜色鲜艳，多变而且透明度高。晶体的颜色多达l 5种复色之多，颜色以无色、玫瑰红色、粉红色、红色、蓝色、绿色、黄色、褐色和黑色为主。其中更以通透光泽的蔚蓝色、鲜玫瑰红色及粉红色加绿色的复色为上品。除透明的碧玺外，还有半透明具有猫眼效应的碧玺猫眼。
2、碧玺的最大特点是双折射率大，用十倍的放大镜观察刻面宝石亭部的棱角处，可明显地见到双影。其次，碧玺具有双色性，除美国产的粉红色碧玺外，其靓脘堤窳他颜色的碧玺两色性均很明显，用肉眼从两个不同的方向观察，宝石的颜色明显不同。有些碧玺在同一个晶体的内部和表皮或上端和下端的颜色不同。如美国加利福尼亚州圣迭哥县产的碧玺晶体，中间是绿色，表面是红色。中国新疆阿勒泰产的碧玺晶体中间是红色，外表是绿色。当这些矿物加工成宝石后，在宝石的两端就有两种颜色。这种双色现象除放射性改色的水晶外，其他宝石很少见到。
3、碧玺为无对称中心的矿物，当碧玺沿特殊方向受力时，能够在垂直应力的两边表面产生数量相等符号相反的电荷，且荷电量与压力成正比。在温度改变时，在Z轴两端产生相反的电荷。易吸附灰尘。
4、碧玺内含有典型的不规则线状、管状包体和扁平的平行z轴的薄层空穴，包体内可被气液所充填，还可能有少量铁质充填，部分碧玺内可见大量平行纤维，可以出现猫眼效应。红色碧玺内部含有许多与晶体长轴平行的裂纹，这些裂纹常被气液包体充填，可有镜面反光现象。绿色碧玺则很少含有与晶体长轴平行的裂纹，而是以含有许多细长而不规则的丝状、“撕裂状”气液包体。