蜈蚣是雌雄异体、卵生的动物。搞好雌雄鉴别对较为准确地搭配雌雄比例、繁殖更多的蜈蚣非常重要。人工饲养蜈幺琚驸耄蚣，雌雄的搭配比例以8一10：1为好。雌雄鉴别对雌雄合理搭配饲养，减少饲养雄蜈蚣的支出，提高繁殖率有重要意义。虽然在蜈蚣外形上不易于区分，但在解剖它们的内脏时，两性的生殖系统却是显著各不相同的。在不同类群中，雌性生殖系统构造是同样的，但雄性生殖系统在唇足类的不同目中差别很大。
1．蜈蚣雌性生 殖系统
雌性生 殖系统是由卵 巢、输 卵管、副 腺和纳精 囊4个主要部分组成。
(1)卵 巢
它位于消化道的背面，是一根瘦长的圆筒状的生 殖 器 官。成体的卵 巢内壁有许多白色球状的胚细胞，进一步发育成具有丰富卵黄的卵 细胞，产生胚细胞的卵巢内壁为胚表皮。由胚细胞分化到发育成为成熟的卵粒是个复杂的过程。
(2)输 卵 管
它与卵巢后端相连通，并无明显的界限。在输卵管的尾部分成两支，把后肠包围起来，并在后肠的下面再合成一根。输 卵 管的开口是生殖孔。
(3)纳精 囊
药用蜈蚣的纳精 囊，仅有1对。而纳精 囊的副腺在地蜈蚣目和蜈蚣目种类中，都是1对。但在石蜈蚣目和蚰蜒目中，则有2对，即第一副腺和第二副腺。
2．蜈蚣雄性生 殖系统
雄性蜈蚣的生 殖系统由精巢、输精管、贮精囊、副腺和附属物组成。在蜈蚣目中，精 巢有十几个至几十个不等，呈纺锤形。耳盲蜈蚣有30个精巢，精 巢呈椭圆形。精巢由身体前部一直排至后部，大体上排成两行；每个精 巢由两条细精 管连通纵行在中央的单根输精管上。单根的输 精 管下端与肌肉发达的射 精 管相连，而射 精 管的末端向体外开El。在输 精管内常有若干椭圆形的精胞，精胞内有无数精子。射 精 管末端有2对副腺与它相连通。
蜈蚣的雌雄鉴别比较复杂，需从头部、体型、体质等方面综合分析才能确定，一般说来：
头部呈扁平状而较大，第21节背板后缘较平圆、体型较大、较宽，腹部肥厚，体质较软，用手挤尾部生殖区无生 殖 肢外露的为雌性；
头部隆起呈椭圆形，第21节背板后缘稍隆起，尖形，体型较小、较窄，腹部较瘦，体质较硬，尾部生殖区有1对退化的生殖肢的为雄性。
(1)外部形态：
雌性蜈蚣个头较大，千足比雄性好看而且更长。
雌性蜈蚣头部背板扁平较园而大，最末背板后缘平些，圆一点，最末腹板后腹平直且宽，体型较大较宽，腹部肥厚体质较软。
雄性蜈蚣的个体一般较小。头部背板隆起，呈椭圆形。背板后缘隆起而尖，腹部较瘦，体质较硬。腹板后缘窄尖而圆。雌性个体较宽大。头部背板扁平而圆，背板后缘乎圆，腹部肥厚，体质较软。腹板后缘平直，较宽。
(2)生 殖 器：
捉住成年蜈蚣，用手指轻轻挤压尾部 生 殖 腔。在生殖区前生殖节胸板有一对退化的生 殖 肢，这是雄性蜈蚣。雌性蜈蚣没有生 殖 肢。