1、加强净化设施的运行管理灾区地面水有机物污染严重，浑浊度普遍较高，对受灾期间仍能维持供水的水厂，应充分发挥现有的混凝沉淀过滤设施的作用，加强运行管理和规范操作，提高水质净化效果，改善供水感官性状，确保水质消毒效果。
2、提高饮水消毒的加氯量洪涝灾区地面水源水微生物污染严重，必须提高饮水消毒的加氯量。应开展有代表性水源水需氯量监测，确定水消毒的加氯量，指导水消毒工作实施（也适合分散式供水）。通常由于洪涝灾害引起的水源污染，水消毒加氯量比灾前或同时期未受灾时增加30-100%，有效氯投加量范围在1.5-2.5mg/L。
3、强化消毒措施对于缺乏消毒措施的农村自来水厂（站），在洪涝灾害期间仍在正常供水的，必须采取强制性消毒措施，安装或增加必要的消毒设施。常用的方法有：在一级泵（原水泵）前，投加漂白粉澄清液或在过滤后清水池投入漂白粉澄清液；对于无调节水池的直供水厂，不管何处投加消毒液，都必须确保水与消毒剂接触30分钟后出厂。
4、消毒后水中游离性余氯要求国家生活饮用水水质标准要求：水消毒30分钟后出厂水不低于0.3mg/L，管网末梢水不低于0.05mg/L。考虑到洪涝灾区的生物性污染严重等因素，因此对水厂的出厂水和管网末梢水的游离性余氯量要求也必须适当提高（也适合分散供水的消毒）。农村简易自来水厂（未处理，部分处理）：A.出厂水游离性余氯应不低于0.5mg/L。B.当出厂水的水质较浑，达不到水质标准时，出厂水游离性余氯应保持在1.0mg/L左右。当出厂水游离性余氯达到上述要求，但管网末梢水检测不到余氯（小于0.05mg/L），在排除采样检测、管网太长等因素外，应考虑管网的质量是否有陈旧破损污染，或洪水冲毁受污染，应尽可能发现和修复。在未能发现和修复情况下，建议用户暂时用缸水贮存自来水，进行缸水消毒。