1、遵守相关法律法规：雇主应遵守劳动法和相关法规，根据规定对员工的病假扣工资。劳动法规定，在员工因病需要请假时，雇主应该支付员工的基本工资，但扣除与工作时间相应的社会保险费和住房公积金等。
2、制定公司规定：公司可以针对自己的情况制定病假规定，如规定员工请假超过3天需要提供病假证明。并明确扣工资的方式。
3、区别对待不同情况：对于风气性请病假的员工，可以适当降低扣除标准。对于因公外出而感染疾病的员工，不应扣除工资。
4、给予适当补偿：为了减少员工的请假，公司可以考虑给予适当的补偿，如健康保险等。
5、惩戒滥用病假的员工：对于故意滥用病假的员工，公司应该采取严厉措施进行惩戒，如开除等。