1、理论不同：免税是指对某种课税对象和某种纳税人，免除其本身负担的应纳税额，而外购的货物或劳务仍然是含税的。 税率为零不仅纳税人本环节课税对象不纳税，而且以前各环节转移过来的税款亦须退还，才能实现税率为零。
2、权利不同：纳税人销售零税率货物既然有纳税义务，同样具有抵扣税额的权利，从形式上表现为退给纳税人在各个流转环节已缴纳的税款。而免税则规定免除纳税人纳税的义务，同时也规定生产销售免税货物不得抵扣进项税额，即纳税人必须放弃抵扣税款的权利。
3、退税情况不同：出口货物免税仅是指在免税环节不征收增值税，其相应的进项税额不能抵扣，也不能退还。而零税率是指对规定的出口货物除了在出口环节不征税外，还要对该产品和应税服务在出口前已缴纳的增值税进行退税。
扩展资料：
免税背景：
免税（duty-free）在经济生活中，税收立法确定的税收制度，包括设立税种、设计税目和税率，是根据社会经济发展的一般情况群体的平均承受能力来制定的，适应了普遍性、一般性的要求。
但具体到不同产业、不同地区和不同的纳税人、征税对象，往往需要从实际出发，对一些需要扶持、鼓励或照顾的地区、行业、产业或纳税人、征税对象给予特殊的规定，以体现税收因地制宜、区别对待、合理负担的原则。
因此，在统一征税的基础上，采取免税的税收优惠，以适应个别的特殊的情形，成为世界各国税收制度普遍采取的一种政策措施。
免税缺点：
1、免税法是建立在居住国放弃对其居民的境外所得的征税权的基础之上，使居住国的利益受到损害。应该是兼顾来源的国、居住国、纳税人几方面的利益。
2、在采用免税法时，如果居住国对本国居民的境外收入免征税，在来源的国税率低于居住国税率时，就会出现在境外取得的的收入，比在境内取得的同样收入，税务负担低。与公平原则不符。也会引起国内的资本与利润，不正常地转移到低税负国家或者避税地区。
零税率：
真正体现零税率理论上定义的，是增值税对出口产品实行零税率，即纳税人出口产品不仅可以不纳本环节增值额的应纳税额，而且可以退还以前各环节增值额的已纳税款。增值税的免税规定，只是免除纳税人本环节增值额的应纳税额，纳税人购进的货物和劳务中仍然是含税的。
对出口产品实行零税率，目的在于奖励出口，使我国产品在国际市场上以完全不含税的价格参与竞争。
参考资料来源：百度百科-免税
参考资料来源：百度百科-零税率