不同点：标准不同、规定不同、适用不同
区别一：标准不同
GB/T29639-2013生产经营单位生产安全事故应急预案编制导则，是国标；AQ/T9002-2006生产经营单位安全生产事故应急预案编制导则，是安监局行业标准。
区别二：规定不同
GB/T29639-2013规定了生产经营单位编制生产安全事故应急预案的编制程序、体系构成和综合应急预案、专项应急预案、现场处置方案以及附件；AQ/T9002-2006规定了生产经营单位编制安全生产事故应急预案的程序、内容和要素等基本要求。
区别三：适用不同
GB/T29639-2013适用于生产经营单位的应急预案编制工作，其他社会组织和单位的应急预案编制可参照该标准执行；
AQ/T9002-2006适用于中华人民共和国领域内从事生产经营活动的单位；生产经营单位结合本单位的组织结构、管理模式、风险种类、生产规模等特点，可以对应急预案框架结构等要素进行调整。
参考资料来源：百度百科-企业突发事件应急管理
参考资料来源：百度百科-生产经营单位安全生产事故应急预案编制导则