1、贲门癌与其他肿瘤一样，病因不详，可能与饮食因素、环境因素、遗传因素、幽门螺杆菌感染有关。另外存在诸如慢性萎缩性胃炎、胃溃疡、胃息肉、胃黏膜上皮细胞化生，及胃黏膜上皮异型增生等癌前变化。
2、现在，贲门癌的发病原因了解还很少，加之在一些亚洲、北美及欧洲国家，贲门癌的发病率呈逐年上升趋势，因此需要对贲门癌，进行多学科的综合研究，提高其早期诊断与治疗水平，以及病人的术后5年生存率。
3、贲门癌的病因复杂。一般认为，生活环境、饮食是人类上消化道各种癌肿，两种主要致癌因素，也与胃食管反流和食管裂孔疝可能有一定关系。胃癌的组织发生学中，胃溃疡、胃息肉及慢性萎缩性胃炎，过去，皆被认为是胃癌的癌前期病变。
4、很多人认为，贲门癌是起源于，有多方向分化潜能的贲门耢呻痪蝗腺的颈部干细胞，干细胞可以形成，具有贲门或腺上皮特点的腺癌。光镜、电镜、组化研究发现贲门癌是混合型，有力支持该观点。不典型增生是贲门癌的癌前病变，它也是在上述与贲门癌发病有关的疾病，溃疡、息肉、萎缩性胃炎共有的关键病理过程。