1、复方鱼腥草合剂，用于外感风热引起的咽喉疼痛；急性咽炎、扁桃腺炎有风热证候者。双黄连口服液，疏风解表，清热解毒，用于外感风热所致的感冒，症见发热、咳嗽、咽痛。二者同属主治外感风热症的药物，但重点不同，复方鱼腥草合剂主要针对咽喉炎、扁桃腺炎症状，双黄连口服液则针对有感冒症状，比如流涕、打喷嚏等，并伴有咽痛的轻微症状。
2、鱼腥草合剂主要配方含有鱼腥草、黄芩、板兰根、连翘、金银花；双黄连口服液主要配方含有黄芩、金银花、连翘。二者相比鱼腥草合剂配方多了鱼腥草和板蓝根两味药物，其一鱼腥草，味辛，性寒凉，归肺经，主要作用有抗菌、抗病毒、增强免疫功能的作用，其二板蓝根性苦寒，具有清热解毒，凉血利咽之功效。
3、二者同属治疗外感风热症的常用中成药，不可联合服用，避免用量过大，产生不良毒副作用。在症状初期，服用双黄连口服液效果不明显，并符合鱼腥草合剂相关症状的，可以改用鱼腥草合剂，前提对该药物无过敏反应。咽喉及扁桃体炎症明显并伴随发热者，应在医生的指导下进行抗感染治疗。
4、鱼腥草合剂和双黄连口服液同属治疗外感风热症的常用中成药，风寒症状者并不适用，切忌乱用药物。风寒表现为发热轻、无汗、头痛身痛、鼻塞流清涕、咳嗽吐稀白痰、口不渴或渴喜热饮；风热表现为发热重、头胀痛、有汗、咽喉红肿疼痛、咳嗽、痰粘或黄、鼻塞黄涕、口渴喜饮、舌尖边红。注意区分二者症候。
5、药物的应用应严格按照药品说明书及医嘱进行，禁止擅自变换药物种类及用药时间、用药量等。