企业内部控制的了解和畲驶郜杏测试，及其有效性评估是制定财务报告审计策略、实施进一步审计程序的基础和前提。因此，内部控制审计和财务报告审计存在着多方面联系，主要体现在以下五个方面：
一是、两者的最终目的一致，虽然二者各有侧重，但最终目的均为提高财务信息质量，提高财务报告的可靠性，为利益相关者提供高质量的信息。
二是、两者都采取风险导向审计模式，注册会计师首先实施风险评估程序，识别和评估重大缺陷(或错报)存在的风险。在此基础上，有针对性地采取应对措施，实施相应的审计程序。
三是、两者都要了解和测试内部控制，并且对内部控制有效性的定义和评价方法相同，都可能用到询问、检查、观察、穿行测试、重新执行等方法和程序。
四是、两者均要识别重点账户、重要交易类别等重点审计领域。注册会计师在财务报告审计中，需要评价这些重点账户和重要交易类别是否存在重大错报;在内部控制审计中，需要评价这些账户和交易是否被内部控制所覆盖。
五是、两者确定的重要性水平相同。注册会计师在财务报告审计中确定重要性水平，旨在检查财务报告中是否存在重大错报;在财务报告内部控制审计中确定重要性水平，旨在检查财务报告内部控制是否存在重大缺陷。由于审计对象、判断标准相同，因此二者在审计中确定的重要性水平亦相同。