港澳通行证一年两次的意思：一年之内可以入境两次有效。
当你的签注使用完后，你可以再去出入境部门重新续签。
签注有效期的解释：
以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年，在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果1年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
办理时间：申请《往来港澳通行证》及签注：15个工作日。网上申请、电话申请签注8个工作日；窗口申请、EMS代办点申请签注10个工作日。
扩展资料：
一、港澳通行证续签办理：
本人凭身份证及有效的《往来港澳通行证》办理，也可代办，代办人需携带身份证。(不同城市对加签可能有特殊规定，具体咨询户籍所在地出入境管理处，少数城市可以邮寄续签)
1、办理时限：自受理之日起7个工作日。
2、费用：一次往来签注每个20元;二次往来签注每个30元。
3、特别注意：《往来港澳通行证》有效期不足6个月(部分城市是3个月)的或无足够空白签注页的不能办理，须按首次申请手续办理新的《往来港澳通行证》，同时申请签注。
二、证件有效期
往来港澳通行证有效期5年。2014年9月15日，全面启用电子往来港澳通行证规定，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。
三、签注有效期
内地居民往来港澳签注分为6个种类，即个人旅游(G)、探亲(T)、商务(S)、团队旅游(L)、其他(Q)、逗留(D)根据申请事由分类签发。
其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。
澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。
签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国往来港澳通行证