Motif是蛋白中较小的保守序列片断，在生物学中基于数据的数学统计模型，可以辅助预测系统发育分析的可靠性。
MEME在线查找motif
1、将目标蛋白序列整合到一个文本文件中，序列保持fasta格式。打开在线工具MEME（http://alternate.meme-suite.org/tools/meme）。导入文本文件，选择要查找的motif个数，输入邮箱，点击Start。
2、然后会跳到如下页面，分析时长由序列多少决定。一般10条序列1分钟可以分析完，多条序列分析几十分钟甚是数小时都很正常。
3、分析结束，点击链接会出现如下界面。
4、打开以HTML格式展示的结果如下，1，2，3，4……数字后边是motif对应的氨基酸序列，鼠标放在下方motif结构示意图的小方块上会显示其对应的motif及序列，点击“Download PDF”即可下载motif结构图。
TBtools修饰motif结构图
1、如果感觉MEME自动生成的motif结构图不够美观，还有用TBtools进一步对其进行美化。 首先需要下载MEME生成的MEME.XML文件或者MAST.XML文件。
2、打开TBtools软件，选择“Amazing Optional Vlewer“
3、导入*.nwk文件和MAST.xml文件，改变“Width”、“ Height”数值可以调整图片比例，点击Start生成motif结构图。点击Save Graph，可以选择图片输出格式。
4、选择"Fill in Gradient Mode"可以添加渐变。
5、选择“Motif Num”可以在输出图片中显示motif编号。
6、输入*.gff文件还可以绘制基因结构图，更多绘图技巧接下来继续分享。