1、传播快，控制难度大 因为手足口病主要爆发在两周岁内的儿童，这个年龄段的婴儿多在托儿所，相对集中。再加上肠道病毒传染性强、传播途径复杂、传播速度快、控制难度大，这样就很容易出现短时间内的流行性的爆发。
2、威胁生命，患儿偏小 近年来也出现过少数患儿，主要是两周岁以下的婴儿。也会出现高热、白细胞不明原因增高而查不出其他感染灶时，就要警惕并发心肌炎、脑炎、肺水肿等，婴儿免疫力不强，往往就会危害到生命。特别是EV71感染的患儿，可出现脑膜炎、脑脊髓炎、神经源性肺水肿、循环障碍等，病情凶险，可致死亡或留有后遗症。
3、主要并发症 1.溃疡，由于婴幼儿手，足，口，肛周等部位的皮肤粘膜比较薄嫩，所以就很容易造成溃疡，长久的溃疡愈合起来困难。 2.感染，由于胃肠道病毒造成全身的感染，比如感染心肌，引发心肌炎：感染脑或者脑膜，导致脑炎或者脑膜炎：感染肺，引起肺炎，肺水肿。 3.严重者可导致死亡，少数的婴儿，由于自身的免疫力低下，加上感染导致的心肌炎，脑膜炎，肺水肿。如果治疗不及时，就会危害到生命。