1、小灶性脑实质出血：由于出血量小，血肿局限，起病可为渐进性，临床表现可与腔隙性脑梗死相似，须依靠CT或MRI鉴别，但是脑出血有其特点，即脑出血一般在体力和脑力紧张活动或情绪激动时容易发病，起病急，发展快，数十分钟到数小时达到高峰，急性发病者典型的表现有：头痛，呕吐，失语，肢体运动障碍，抽搐，不同程度的意识障碍，脑出血的临床表现与出血部位和出血量有很大关系，脑CT扫描可以发现出血病灶，有利于鉴别诊断。
2、巨大腔隙性脑梗死：指腔隙直径大于20mm，可能有多个穿通动脉闭塞，或较大的动脉粥样硬化或血栓形成所引起，神经系统定位体征较明显或症状较重，可伴有意识障碍，预后较差。
3、出血骂宙逃慈性腔隙性脑梗死：随着CT的广泛应用，临床医师陆续发现，脑内小量出血也可引起类似腔隙性脑梗死的表现，对这类病，目前称之为出血性腔隙综合征，临床特点是多见于50岁以上的中老杏揉动减年人，有高血压病史者多见，常在活动中突然发病，呈进行性加重，在半小时或数小时内达高峰，临床上可有各种类似腔隙性脑梗死的表现，如单纯运动性轻偏瘫，单纯感觉性卒中，共济失调轻偏瘫，构音障碍-手笨拙综合征，感觉运动性卒中等，但因脑部出血量少，病灶范围小，血肿局限，未破入脑室及蛛网膜下隙，也未累及上行网状激活系统，一般无头痛，头晕，恶心，呕吐，颈项强直等脑膜刺激征，亦无神志，智能及瞳孔改变，很容易误诊为腔隙性脑梗死，脑CT扫描是鉴别诊断的主要方法。