1、点：图中每个圆点代表一个基因，每个圆角矩形代表miRNA。
2、颜色：对于两分组（例如实验组和对照组），红色圆点/圆角矩形为上调基因/miRNA，蓝色为下瓢遥费涓调，对于多分组（例如 组1，组2，组3），由于差异基因/差异miRNA不分上、下调，所以用紫色的点代表差异基因/miRNA。
3、数量：一般miRNA数量建议控制在10-30个，miRNA数量太多，靶基因数量太多，网络图较大，miRNA数量太少，可挑选的miRNA数量太少 。
4、挑选：点的大小代表与之有相互作用关系的点的数量多少，miRNA点越大，代表调控的靶基因数量越多，对周围基因的贡献程度越大，推测其越重要，是网络中核心的miRNA，基因点越大，对周围miRNA的贡献度越大，受到较多差异miRNA的靶向调控，推测其越重要，是网络中核心的基因，这类核心miRNA和基因可作后续的验证试验或进一步分析，同时还可根据关注的miRNA和基因来挑选。如上图中hsa-miR-15a-5p，hsa-miR-148a-3p，hsa-miR-195-5p就是网络中核心的miRNA，MARCH4，CHD7是核心的基因。