1、纳豆原料应以非基因改造黄豆为佳。将半斤(=300公克)黄豆洗净后，以大约三倍的水量浸泡约10-15小时(夏短冬长)。但请勿让日光直射或置于高温之处所。
2、捞出浸泡过的黄豆放入锅内蒸煮，直到用手指一搓即糊的程度。使用压力锅(或称快锅)应最为快速经济，在快锅沸腾后，改用小火续煮约一小??时即可。若使用一般锅则约需3-4小时。惟不论使用快锅或传统锅具，一旦煮沸都应转为小火，维持微沸状态。同时亦可避免脱皮影响美观。
3、将已经煮软的黄豆捞起(蒸豆则无需滤水)，待其冷却至30-40℃时加入0.1公克省蜞酗涕纳豆菌粉拌匀。虽豆子置于开放空间时，空气中之纳豆菌也会吸附在豆子上充当菌种；但菌种不纯菌量不足，并混有许多杂菌，同步大量繁殖反不利健康。※故食品专家建议应使用专用纳豆菌粉方可确保制成的纳豆品质。菌粉应先以10cc的微温开水溶解为菌水后再浇淋拌入豆子中将会更为均匀。
4、将附件之滤水盘放入内锅底部(脚柱朝上)，再将以上已添加纳豆菌之豆子倒入内锅中，盖上带有小气孔之锅盖，放入外锅内，盖妥半透明外锅盖，同时将外锅盖中心上方圆盘调到当时的时间作为备忘之用。
5、将电源线插上插座，指示灯亮起，开始进入发酵过程。过程中请勿打开锅盖。
6、经过30小时后，发酵即告完成；此时黄豆也已经转变为高营养价值之纳豆；豆子外表都包覆一层黏糊状胶质，其中富含纳豆激酶及多种维生素。
7、将此纳豆放入冰箱冷藏24小时后，即为熟成之纳豆，风味更佳。
8、为减少每次煮豆的麻烦，可一次蒸煮较多的黄豆，然后以300公克为一小袋密封放入冷冻柜储藏。以后每次只要取出一小袋，将其退冰解冻并加入纳豆菌粉后，依上述4-7步骤作成纳豆，则经常可享用纯正又新鲜的纳豆，又省却不少麻烦。