1、实验步骤1,材料选取2,DNA样品3,文库构建4,测序5,信息分析
2、技术流程
3、技术优势1,测序结果准确性高:结合不同测序平台,减少测序和拼接错误;2,拼接结果完整性高:该测序方案可获得NGS测序无法获得的基因组区域,基因组完整性高,利用光学图谱平台,甚至可拼接获得真菌着丝粒和端粒序列信息,获得染色体级别拼接结果;
4、生物信息分析
5、案例分析 Oklahoma州立大学和Oklahoma大学的科学家联手研究独黑粉菌基因组,该真菌以厌忝溧搔庙氧状态寄生在大型家畜的胃肠道中,负责降解植物类材质。经分离的C1A菌株拥有大型真菌基因组,超过100Mb,共16000个以上的编码基因。C1A菌株的GC含量超低,仅17%。不仅如此,这个菌株还有一个非常罕见的特征,即基因间的非编码区域非常大,占据了73%,里面大量SSR,占整个基因组5%的比例。研究人员最开始基于Illumina的Paired-End技术,测了290X覆盖度,但组装效果非常糟,Contig数为82325个,N50仅为1666bp,而且其中32.4%都是长度仅300-900的短Contig,于是他们加测了10X覆盖度的PacBio数据,最终使QV值达到59.7,即准确率接近99.9999%。“最终的组装结果使N50/N90获得了不可思议的提升,特别是发现了大量之前在Illumina结果中丢失的内含子信息,其中主要都是SSR。